Pour assurer la compatibilité et la portabilité, les systèmes Linux respectent l'unique norme FHS (File Hierarchy Standard). La hiérarchie de base est la suivante:
/ la racine, elle contient les répertoires principaux
/bin contient des exécutables essentiels au système,
/boot contient les fichiers permettant à Linux de démarrer
/dev contient les points d'entrée des périphériques
/etc contient les commandes et les fichiers nécessaires à l'administrateur du système
/etc/X11 contient les fichiers spécifiques à la configuration de X
/etc/opt contient les fichiers de configuration des applications installés dans /opt
/home répertoire personnel des utilisateurs
/lib contient des bibliothèques partagées essentielles au système lors du démarrage
/media contient les points de montage des partitions (Ubuntu)
/mnt contient les points de montage des partitions temporaires (cd-rom, disquette, ...)
/opt contient des packages d'applications supplémentaires
/root répertoire de l'administrateur root
/sbin contient les binaires système essentiels
/tmp contient les fichiers temporaires
/usr Hiérarchie secondaire
/usr/X11R6 ce répertoire est réservé au système X version 11 release 6
/usr/X386 utilisé avant par X version 5, c'est un lien symbolique vers /usr/X11R6
/usr/bin contient la majorité des fichiers binaires et commandes utilisateurs
/usr/include contient les fichiers d'en-tête pour les programmes C et C++
/usr/lib contient la plupart des bibliothèques partagées du système
/usr/local contient les données relatives aux programmes installés par le root
/usr/local/bin binaires des programmes locaux
/usr/local/games binaires des jeux locaux
/usr/local/include fichiers d'en-tête C et C++ locaux
/usr/local/lib Bibliothèques partagées locales
/usr/local/sbin binaires système locaux
/usr/local/share hiérarchie indépendante
/usr/local/src fichiers sources locaux
/usr/sbin contient les fichiers binaires non essentiels au système réservés à l'administrateur
/usr/share réservé aux données non dépendantes de l'architecture
/usr/src contient des fichiers de code source
/var contient des données variables
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